umgehen kann linux mit so ziemlich jeden filesystem, das es gibt... darunter auch ntfs und fat(32), wobei mit ntfs noch keine 100%ige schreibfunktion vorhanden ist.
man müsste aber mit dem kopf gegen die wand gerannt sein, wenn man sich fat32 als filesys aussucht, denn die linux alternativen ext2/3, xfs, reiser usw. sind um längen besser dafür geeignet.
swap ist in dem sinne kein filesystem wie du es dir vielleicht denkst. man könnte es eher mit der swapdatei unter windows vergleichen. einfach zum auslagern von daten, falls der ram mal knapp werden sollte.
ich kann dir aus guten erfahrungen ext3 oder xfs als filesystem empfehlen, da ich ersteres auf meinem thinkpad fahre und letzteres auf meiner workstation.