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Starte deinen Rechner im abgesicherten Modus und führe die Systemprüfung durch.
Im übrigen warnt ein AV-Programm nicht vor Windowseigenen und benutzten Systemdateien. Du kannst also davon ausgehen das fremde Gäste auf deinem Rechner sind.
Wenn du die Möglichkeit hast diese Dateien in Quarantäne zu schicken, dann mach es. Sollte es Probleme mit Windos geben dann kann man diese wieder zurück holen.
Ich würde dir aber empfehlen deine Daten zu sichern und dein System neu aufzusetzen. Das kommt irgendwann sowieso dazu.