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Grundsätzlich: Beide Sprachen sind gut. Perl gibt es schon länger als PHP, dafür finde ich persönlich PHP moderner (kenne Perl aber auch nicht so gut).
Mit beiden Sprachen kannst du deine Seite verändern und erweitern. Du machst mit PHP deine Seite u.U. halt dynamisch, d.h. die Seiten werden in dem Moment des Aufbaus zusammengesetzt.
Man kann sich das so vorstellen:
in jede HTML-Datei kommt ein Header, ein Footer, zum Layouten eine Navigationsleiste usw. und Text.
Der Header, Footer und die Nav-Leiste werden immer aufgebaut, der Text nur abhängig von den Klicks in der Navigationsleiste.
Meist holt man sich dann die Daten aus einer Datenbank oder ganz einfach aus Dateien. Diese werden dann verabreitet.
Grundsätzlich muss man aber sehen, dass PHP nur in Zusammenhang mit HTML funktioniert, um Webseiten aufzubauen.
Man gibt in PHP die Anweisung etwas auszugeben, z.B: mit echt "AUSGABE_DATEN";
diese Ausgabedaten können natürlich HTML-Format Anweisungen sein.
Diese werden dann von deinem Browser interpretiert und angezeigt. Das PHP wird eigentlich nicht angezeigt, sondern es sagt einem Interpreter nur, was ausgegeben werden soll. Das wird an den Browser weitergegeben.
Ich hoffe, ich konnte es etwas erklären. Sonst frag nochmal nach.
Für PHP siehe auch www.php.net