Unter Linux ist mir zwar sowas noch nicht passiert, aber von Windows kenne ich dieses Problem.
Vor kurzem habe ich mal einen Test gemacht, ob es mit der Windows 2000 CD (Wiederherstellungskonsole+fixmbr+fixboot) möglich ist, den MBR von Windows XP mit dieser CD wiederherzustellen.
Windows XP startete danach absolut problemlos. Nach diesem Test probierte ich noch Gparted aus und verkleinerte zuerst die XP-Installation, um diese in Folge wieder zu vergößern. Dies machte ich alles ohne vorher die Partition vorzubereiten (nicht defragmentiert + nicht die Auslagerungsdatei abgeschaltet).
Ich weiß zwar nicht welche von diesen beiden Aktionen dazu geführt hat die Installation so zu beschädigen, daß sich die Festplatte nach dem Starten des Windows XP-Systems gar nicht mehr beruhigen konnte, ich weiß nur, daß es so war.
Nachdem ich das vorher angelegte Ghost-Image - mit der Option MBR wiederherstellen - zurückgespielt hatte, war alles wieder in Ordnung.
Die Festplatte blieb also kurz nach dem Startvorgang wieder schön ruhig.