Win7 Probleme

Du solltest deinen Rechner mal konkret vorstellen - damit dir nicht u.U. falsche Ratschläge gegeben werden.

Wasw du als
Festplatte 1 Daten
Festplatte 2 Daten
bezeichnest - sind das tatsächlich separate HDDs?
Stecke diese doch ab wenn du Windows-7 installierst - das kommt ja nur auf die SSD - oder ?
Du schreibst 
"ca. 5 min. später konnte ich die logische Partition löschen"
welche logische Partition denn? - Das vorher genutzte Betriebssystem war garantiert in einer Primärpartition - und solche muß auch wieder erstellt werden für die Neuinstallation.

http://www.drwindows.de/windows-anleitungen-und-faq/26344-installation-von-windows-7-schritt-fuer-schritt.html
Geh diese Beschreibung mal durch - vergleiche mit deinen Aktionen und stelle neue Fragen, wenn etwas nicht klar genug beschrieben ist.

hallo,

sorry, klar, primär
System als solches, wie schon beschrieben
Festplatte 0 ist die besagte ssd, 1 primäre Partition mit 111,8 GB
Festplatte 1 und 2 sind jeweils 500GB SATA Platten, auf der einen sind noch ein parr Programme installiert, ansonsten TV Mitschnitte, Videos etc, also kein direkter Zusammenhang mit der ssd.
was zu Festplatte 2 zu sagen ist, da ist eine weiteren für das System genutzte 100mb Partition drauf, war nicht von mir geplant, hatte ich nur gesehen, warum auch immer die da ist.
hatte schon 2x die ssd gelöscht, Win neu installiert und konnte dann die Daten (Programme musste ich natürlich neu installieren) weiternutzen.

zu der Zeitangabe 5 min....

wenn ich auf Win insallieren gehe, komme ich ja in die Festplattenübersicht, in der ich dann die Platte auswählen kann, löschen, formatieren, neue Partitionen anlegen kann etc.
bis ich eine Platte auswählen kann, vergehen ca. 5 min. in der Zeit habe ich die sogenannte Win7 Eieruhr.
löschen der Partition und neu anlegen dauern ebenso lange.
Ich kannte das noch vom letzten Mal, Partition löschen angeklickt, weg, neu anlegen angeklickt, da war sie wieder, dann formatiern, fertig.... es dauert halt alles extrem lange und nach dem Neustart bleibt er wieder hängen, nacktes Windows auf ner frisch formatierten ssd

ansonsten ist es ein i5 Intel mit 16GB Ram, würde sagen 2 Jahre alt

Wenn du eine vollständig neue Installation des Betriebssystem einleitest - sind noch keine "Programme zu installieren" - also stecke für diesen Zeitraum die beiten SATA-Platten ab.
Installiere Windows-7 in deine SSD (Partitionen gänzlich gelöscht) nach Anleitung (inklusive aller Treiberinstallationen) -
verbinde die SATA-Festplatten erst nachdem das Betriebssystem ganz normal nutzbar ist.

Das Einbinden von Programmen, die du (lt. deiner Beschreibung) teilweise auf eine der SATA-Platten installierst, muß nachträglich sowieso neu erfolgen (es ist ja schließlich ein "neues" Windows-7, in dem es die Einträge (in der Registrierungsdatenbank) zu den Programmen noch gar nicht gibt).