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Kommt darauf an, welche Programme du meinst. Systemprogramme, welche im Hintergrund laufen, starten sich beim Windows Start selber und werden auch im Tray nicht angezeigt. Es sei den sie haben die Option, dann werden diese Rechts angezeigt. Dies ist auch bei anderen Anwendungen so, wenn diese Option vorhanden ist. Einzustellen ist dies unter
Systemsteuerung>Alle Systemsteuerungselemente>Infobereich
Andere Anwendungem werden über die EXE Ausführende Datei/Verknüpfung gestartet und in der Takleiste angezeigt, wenn dies erwünscht ist.
Mehr kann ich nicht Antworten, da ich den Sinn deiner Frage noch immer nicht ganz verstehe.