Wenn es das Windows eigene Prüfprogramm ist,dann überprüfe in der Registry folgendes.Start>Ausführen,regedit eingeben.Navigiere jetzt mit Doppelklick zu
HKEY_LOCAL_MACHINE\System\Current Control Set\Control\Session Manager.Im rechten Teilfenster den Eintrag Boot Execute suchen und schauen was unter Wert eingetragen ist.Dort sollte autockek autochk* stehen.Wenn nicht dann musst du das entsprechend ändern.Der Parameter /p* z.B. bewirkt,das CHKDSK bei jedem Sart ausgeführt wird.Je nach dem was dort eingetragen ist.Doppelklick auf Boot Execute und unter Wert den richtigen Eintrag schreiben.Bestätigen und PC neustarten.Das sollte dann so aussehen (Einstellung vielleicht mit einem Tuning Tool verändert?)