Anwendungen und sonstige Programme sollten auch auf der Systempartition installiert werden. Es macht wenig Sinn diese Anwendungen auf einer anderen Partition zu installieren, da sämtliche zum Starten notwendige Daten in die Systempartition geschrieben werden.
Die Externe- oder Zweite und jede andere Partition, sollte dazu dienen private Daten, wie Filme, Fotos, Schriftstücke etc zu speichern.
Somit besteht die geringste Gefahr bei einem Systemcrash seine Daten zu verlieren.
Anwendungen und sonstige Anwenderprogramme mussen bei einem Systemcrash und der daraus bestehenden Neuinstallation auch neu installiert werden.
Hier ein Tip von mir zur Sicherung des Systems:
KLick mich
Das von einer bereits bestehenden Systempartition nur 50% mit Bordmitteln von Vista und Win 7 abgezwickt werden kann ist normal.
Um die Partition kleiner zu machen musst du externe Partitionssoftware verwenden. VORSICHT bei der Anwendung, kann auch schief gehen. Hier würde ich auf alle Fälle den Tip von mir anwenden.