Wenn das so ist - zwei selbständige Platten - dann mach doch den Versuch:
steck die zweite Platte ab, laß nur die formatierte und mit gewünschtem BS bestückte Platte im PC und laß ihn booten
wenn das reibungslos geht, veränderst Du die Datei "boot.ini" so, daß Dir beim Booten nicht mehrere Systemstartmöglichkeiten angeboten werden.
Läuft alles sauber, wird die zweite Platte auch wieder angeschlossen und nachdem das BS arbeitet, ist die zweite Platte "normaler Datenträger" - dann sollte ein einfaches Löschen des Verzeichnisses (wo sich das "unerwünschte" BS eingetragen hat) per Dateimanager (Explorer) gelöscht.
Für die Folgezeit weißt Du, was Du besonders beobachten solltest - wenn Systemhänger auftreten mußt Du untersuchen, ob vom "abgeräumten" BS Resteinträge vorhanden sind.
(Unabhängig davon - in der Folge sollte die "saubere Neuinstallation" dann doch irgendwann erfolgen.) - Wenn Du Dich mit der "Imageerstellung" befaßt und anfreunden kannst, wird künftig das "BS neu aufspielen" tatsächlich zur einfachen Aktion.