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NTFS ist besser, es hat ein besseres Dateihandling und fragmentiert nicht ganz so schnell. Außerdem hast du bessere Sicherheitsoptionen die bei Fat32 fehlen. Die Dateien können auch größer werden als bei Fat32 (z.B. Videos).
Während der Installation erstmal soweit nichts. Danach, die Taskleisteneigenschaften samt Startmenü wieder auf die herkommliche Anzeige umschalten und in den Ordneroptionen ebenfalls. Einen Ordner anpassen, alle Dateien anzeigen lassen, auch System und bekannte Dateiendungen einstellen. Dann diese Ansicht (ich nehm immer Details) auf alle übertragen. Das alles, damit das System schneller arbeitet und man nicht im Explorer "Kacheln" sieht, also extra große Symbole.
Anschließend diverse Einstellungen wie Nachrichtendienst deaktivieren, Fehlerberichterstattung abschalten, MSN umbenennen, damit der olle Messenger nicht immer startet usw. Das geht am leichtesten mit http://www.xp-antispy.org
Dann mal das SP1 installieren und auch alle anderen Updates runterladen (man denke an die Würmer).