Das liegt daran, dass W98 versucht, auf der 1. Festplatte Bootinformationen zu schreiben, aber da diese NTFS formatiert ist, das nicht kann. Man kann das umgehen, indem man zunächst die erste Festplatte disabled bzw. abklemmt und die Installation auf die dann alleinige 2. Platte durchführt. Ist diese fertig, die 1. Platte wieder aktivieren, mit XP hochfahren und anschließend die Datei c:\boot.ini erweitern: als letzten Eintrag (neue Zeile) hinzufügen
D:\="Microsoft Windows 98"
Alternativ kann man natürlich bei entsprechendem BIOS die Boot-Platte wählen oder irgendeinen Boot-Manager installieren.
Die c:\boot.ini ist Systemdatei, deswwegen muss erst eingestellt werden, dass diese auch angezeigt werden sollen.