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System32 ist ja im Prinzip nur ein Ordner im Windows-Verzeichnis.
Schwierig. Eine fehlerhafte Bios-Einstellung könnte durchaus auch die Ursache sein, aber wenn du da nichts geändert hast, fällt das auch weg. Es sei denn deine Uhrzeit spinnt auch rum - dann könnte die CMOS-Batterie leer sein, und da ließe sich eine Erklärung finden.
Einen Hardware-Defekt oder lockere Kabel kann man denk ich ausschließen, denn 2 Laufwerke auf einmal, das ist recht unwahrscheinlich.
Falls das alles nicht der Fall ist: hast du Windows XP? Versuch's mal mit dem letzten Systemwiederherstellungspunkt (sofern das keine zu tiefen Lücken in dein System reißen würde). Alternativ kannst du auch die Reparatur über die Windows-CD versuchen (wie immer gilt: bei der 1. Frage im Setup "Installation" wählen, und erst dann "Reparatur" ).
greez
JoSsiF