Das geht nicht mit zweimal Master am gleichen IDE-Kanal. Entweder eine Master und eine Slave am gleichen Kanal oder die zweite Platte als Master am anderen Kanal. Dann müssen natürlich CD-/DVD-Laufwerke, die auch dran hängen als Slave gejumpert werden.
Bei Windows 2000 ist es ähnlich wie bei XP - Bootmanager wird selbständig eingerichtet, wenn bereits ein Betriebssystem erkannt wird (der von Windows 2000 kann aber nicht XP starten, umgekehrt schon). Du musst dir bei dem Verfahren drüber im Klaren sein, dass du anschließend nicht C: löschen/formatieren kannst, weil der Bootvorgang (erster Teil) dann immer bis zum Bootmanager über C: ausgeführt wird.