Was, du hast einen Amiga 500, den du per Kippschalter auf A2000 umschalten kannst?!? 
Sowas hätt ich auch gern. Gibt's die auch in der Ausführung "A500 auf AmigaOne??" 
Die Meldung "Not a DOS Disk..." bedeutet einfach, dass dein Amiga die eingelegte Diskette nicht als Amiga-DOS-Diskette erkennen kann. Das kann passieren, wenn eine Diskette aufgrund fortgeschrittenen Alters (Disketten halten nicht ewig!) die auf ihr vor Jahren einmal abgespeicherten Daten heute nicht mehr zu 100% enthält, sondern zB. nur noch zu 98%, 95% oder noch weniger. Das ist ganz normal und Original Workbench-1.3-Disketten haben heute ein Alter von mehr als 15 Jahren erreicht. Nach so langer Zeit sind Disketten (wie übrigens auch ZIP-Disks) generell nicht mehr besonders vertrauenswürdig.
Versuch mal, eine weitere Workbench-Diskette aufzutreiben oder eine Kopie dieser. Ansonsten gäbe es noch die Möglichkeit, die Diskette über bestimmte Software zu "reparieren", soweit das möglich ist. Das aber könnte zu weiterem Datenverlust führen.