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Es wäre gut, wenn Du das "rattern" lokalisieren könntest. Ist es die Festplatte, das CD-Laufwerk oder der Lüfter?
Ich tippe mal auf die Festplatte. Wenn diese sehr voll und stark fragmentiert ist muss der Lesekopf quer über die Platte verteilt die benötigten Dateifragmente zusammensuchen was der Grund für solche rattergeräusche sein kann.
Dann hilft nur ein Defragmentierprogramm (z.B. Norton kann das) und mittelfristig eine größere bzw. zweite Festplatte. Auf dem Startvolume sollten immer einige hundert MB Platz frei bleiben für das System, die laufenden Programme und den Virtuellen Speicher ("Swap-Datei").