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Du musst die Festplatte vor dem abziehen des USB-/Firewire-Steckers "auswerfen", also entweder vom Schreibtisch auf den Papierkorb ziehen oder im Finder mit dem Befehl Ablage > Auswerfen (Tastenkombi Befehl-E) vom Schreibtisch entfernen. Andernfalls meckert der Mac und es droht Datenverlust.
Bei manchen Platten ohne externes Netzteil kann es auch sein, dass sie zwar beim einstecken des USB-Steckers anlaufen, während des Betriebes aber zu wenig Strom bekommen und dann plötzlich verschwunden sind. Dann brauchst Du entweder ein externes Netzteil für die Platte oder einen leistungsstärkeren USB-Anschluss (z.B. über ein aktives Hub).