Aufgrund dieses bekannten Problemes empfehle ich zumindest immer wieder einen Wechselrahmen für die exteren HD zu verwenden, anstatt die Fehler trächtige Methode via USB.
Gute Wechselrahmen, z.B. von Raidsonic, gibt es ab 20,- -25,- Euro, also nicht viel mehr als USB-Gehäuse

Der nützt mir aber bei Notebooks nichts. Wenn ich längere Zeit unterwegs bin möchte ich alle paar Wochen mal unterwegs klonen. Mit Wechselrahmen ist am Notebook aber nichts zu machen.

Wenn Zuhaus noch stationären PC, dann umbauen und an diesem über Wechselrahmen sichern. Ansonsten beten das es mit Acronis geht oder ansonsten einen anderen Hersteller (z.B. Symantec) verwenden.

HD - Clone
http://www.computerbild.de/programme/HDClone_909382.html

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Drive SnapShot 1.3 
http://www.drivesnapshot.de/de/index.htm

Disk Image Backup für Windows NT/2000/XP/2003/PE/x64

    * Erstellung von Disk Images unter Windows
      Erstellen Sie ein exaktes Abbild ihrer Festplatte in einer Datei.
      Kein Neustart im DOS Modus nötig.
    * Arbeiten Sie weiter, während ihre Daten gesichert werden
      Die neue Drive Snapshot Technologie stellt sicher, dass die gesicherten Daten konsistent sind. So können auch Systeme gesichert werden, die rund um die Uhr laufen müssen. Nie wieder Schwierigkeiten mit geöffneten Dateien.
    * Einfachste Nutzung und Wiederherstellung einzelner Dateien und Verzeichnisse
      Nutzen, vergleichen und restaurieren Sie ihre gesicherten Daten direkt von der Disk Image Datei.
      Mit jedem Programm Ihrer Wahl, natürlich auch mit dem Windows Explorer
    * Wiederherstellung des Laufwerks aus einem Disk Image
      Das wiederhergestellte Laufwerk entspricht exakt dem Zustand zum Zeitpunkt der Sicherung; insbesondere bleiben alle NTFS Attribute (wie Zugriffsberechtigungen, Komprimierung, Verschlüsselung, Volume Mount points, Streams, ...) erhalten.
      Die Wiederherstellung unter Windows ist nur für Nicht-System-Partitionen möglich, diese müssen unter DOS restauriert werden.
    * Kompatibel zu allen Windows Dateisystemen (FAT16, FAT32, NTFS)
      Unterstützung von Linux EXT2/3/Reiser
    * Kompatibel zu allen Windows RAID Methoden
      Snapshot verwendet Windows, um auf ihr Laufwerk zuzugreifen; deswegen ist die Sicherung und Wiederherstellung von allen Windows RAID Laufwerken möglich (nur bedingt im DOS Modus).
    * Einfache regelmäßige und automatische Sicherung ihrer Daten
      Einfache  Integration in den Windows Taskplaner (Scheduler).

Systemvoraussetzungen:

Windows NT 4.0 Servicepack 3, Windows 2000, Windows XP, Windows 2003 Server, Windows PE, Windows-AMD64
2MB Plattenplatz zur Installation
16MB Speicher zur Laufzeit, 0 MB wenn nicht aktiv
Sie müssen Administrator Berechtigung auf Ihrem Rechner haben

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Siehe meine Fehlerbeschreibung hier in Computerhilfen.de vom 10.3.2010 unter "Vista u. Win 7:Festplatte klonen".