Beim Start des Rechners wird die Datei "Boot.ini" abgearbeitet. Diese liegt, wie auch das Betriebssystem oder, aus irgend einem Grund bei dir, die Betriebssysteme in der Regel auf dem Laufwerk C. Das dürfte die Systempartition sein. Wenn du den Rechner insgesamt neu einrichten willst, musst du natürlich auch und in erster Linie diese Partition formatieren. Da hilft es dir nicht, die Partition D zu formatieren, selbst, wenn du dort auch ein Betriebssystem installiert hast/hattest. Wahrscheinlich ist der entsprechende Eintrag in der Boot.ini nicht gelöscht worden oder es ist ein Eintrag doppelt vorhanden, so dass dir zwei vorhandene Betriebssysteme vorgegaukelt werden.