die AGP aperture kannst du bei PCIe sowieso vergessen. Nichts desto trotz treffen die anderen Aspekte zu. Verlass dich auch mal nicht auf die Systemsteuerung. Die sagt mit auch 3,25GB, laut Taskmanager sinds 3,326GB
siehe auch http://de.wikipedia.org/wiki/4-GB-Grenze
oder http://www.heise.de/ct/artikel/Bitte-umsteigen-289782.html
Die so genannten I/O-Komponenten, also sämtliche PCI- und AGP-Karten, aber auch etwa Soundchips, FireWire- und IDE-Hostadapter, können üblicherweise nur Speicher-Adressen unterhalb der 32-Bit-Grenze ansprechen. Das BIOS reserviert die nötigen Adressbereiche, und zwar unmittelbar unterhalb der 4-GByte-Grenze.
Durch PAE oder Memory Remapping kann man den verloren gegangenen Speicher teilweise wieder ansprechen. Wüsste allerdings gern wieso PAE bei mir nicht funktioniert.